Na návrh Medzinárodnej poroty Grand prix Ekotopfilm 2009, ktorá je zároveň Cenou vlády SR, získal nemecký film Ekologické zločiny: Tibetská spojka, ktorý do súťaže prihlásil Westdeutscher Rundfunk, ARTE (réžia: Thomas Weidenbach a Heinz Greuling). Film rozpráva príbeh o hrôzostrašnom podozrení, ktoré sa týka posledných tigrov v Indii. Tieto majestátne šelmy zabíjajú pytliaci najmä pre kožušinu, ktorú predávajú zákazníkom, akých by nikto nečakal. Televízny program odhaľuje, kto stojí za týmto masovým pytliactvom a kto kupuje ich kožušinu. Obchodníkom ide o milióny. Tigrom o prežitie.

V jednotlivých kategóriách Medzinárodná porota ďalej rozhodla takto:
• v kategórii A – Populárno-vedecké filmy – veda a technika, Hlavnú cenu, ktorá je zároveň Cenou Ministerstva životného prostredia SR, získal nemecký film Invázia: Príroda v pohybe (réžia: Christiane Goetz-Sobel),
• v kategórii B – Prírodopisné, prírodovedné filmy, Hlavnú cenu, ktorá je zároveň Cenou Ministerstva hospodárstva SR, získal kanadský film Záhady veľkých jazier (réžia: David Lickley),
• v kategórii C – Človek a zem, Hlavnú cenu, ktorá je zároveň Cenou Ministerstva výstavby a regionálneho rozvoja SR, získal francúzsky film Architekti zmeny, potreba biodiverzity (réžia: Muriel Barra a Sylvain Braun),
• v kategórii D – Investigatívna publicistika, Hlavnú cenu, ktorá je zároveň Cenou Slovenskej obchodnej a priemyselnej komory, získali nemecké filmy Toxíny sú späť a Klamstvo o biopalive (réžia: Inge Altemeier),
• v kategórii E – Environmentálne príbehy, Hlavnú cenu, ktorá je zároveň Cenou Bratislavského samosprávneho kraja, získal rumunský film Durankulak – ochrana biodiverzity a osvetová činnosť (prihlasovateľ: Mare Nostrum NGO),
• v kategórii F – Nové médiá, Hlavnú cenu, ktorá je zároveň Cenou Slovenských elektrární, a. s., udelili belgickému filmu Zachráňme náš svet! (prihlasovateľ: K & TKW Ghent),
• v kategórii G – Deti a mládež, Hlavnú cenu, ktorá je zároveň Cenou Ministerstva školstva SR, získal nemecký film Smäd v Bärstadte (réžia: Klaus Gietinger).

Cenu primátora hlavného mesta SR Bratislavy získal film USA Ekvádor – Model zeleného podnikania (réžia: Patricia Chan). ň

Cenou prezidentky Festivalového výboru ocenili film Veľkej Británie TITUS: Vládca goríl (réžia: Jeremy Bradshaw)

Cenu Medzinárodnej poroty si odniesli tvorcovia kolekcie slovenských filmov Ovce.sk (réžia: Miroslav Drobný).

Ďalšou z kolekcie cien tohtoročného Ekotopfilmu bola Cena Ministerstva zahraničných vecí SR, ktorú získal juhoafrický film Príroda a ľudia (réžia: Sophie Vartan). Cenu Ministerstva dopravy, pôšt a telekomunikácií SR porota navrhla udeliť francúzskemu filmu Miznutie včiel – Riešenie záhady (réžia: Thierry Berrod a Natacha Calestreme). Cenu Ministerstva obrany SR získal nemecký film Ekologické zločiny: Pirátski rybári (réžia: Thomas Weidenbach a Heinz Greuling). Cena Ministerstva zdravotníctva SR putovala do rúk tvorcov francúzskeho filmu Revolúcia trónu (réžia: Thierry Berrod a Quincy Russell), Mimoriadnu cenu Ministerstva školstva SR získal slovenský film Aj my Rómovia dokážeme veľké veci (réžia: Miloš Voľný, Juraj Lehotský a Vlado Fischer). Cenu Asociácie priemyselnej ekológie Slovenska udelili filmu USA Recyklovaná voda pre trvalo udržateľnú budúcnosť (réžia: Walter Baas). Cenu Asociácie zamestnávateľských zväzov a združení SR udelili maďarskému filmu Panónska púsť (réžia: Szabolcs Mosonyi), Cenu Recyklačného fondu udelili indickému filmu Obrábanie našej budúcnosti (réžia: Venu Nair). Čestné uznanie sa Medzinárodná porota rozhodla udeliť poľskému filmu Jadrový Ostrowiec (réžia: Mikolaj Wawrzeniuk).