Niektorí ho vidia ako jedného z najlepších filmových tvorcov, ktorý nakrútil filmy ako Cech panen kutnohorských, Krakatit, Romance pro křídlovku či Kladivo na čarodejnice a niektorí ako najkontroverznejšieho režiséra.  Jeho veľkým režisérskym debutom bola v roku 1936 dodnes obľúbená komédia Velbloud uchem jehly, ktorú nakrútil spoločne s Hugom Haasom. Kritici Vávrovi vyčítali najmä, že je karierista a oportunista a bezohľadne ničil kolegov ako napríklad Alfréda Radoka. K jeho menu sa viaže aj veľa filmov poplatných komunistickým ideológiám ako Nemá barikáda, Nástup, husitská trilógia Jan Hus, Jan Žižka a Proti všem, Občan Brych, normalizačná trilógia oslavujúca po augustovej okupácii Sovietsky zväz (Dny zrady, Sokolovo, Osvobození Prahy). Po páde komunistického režimu v roku 1989  sa začal prezentovať ako prvorepublikový demokrat a obdivovateľ Miloša Havla či Jána Masaryka.

Bol rovnako vynikajúcim a váženým pedagógom na FAMU, ktorú pomáhal založiť a kde v 60. rokoch vychoval predstaviteľov novej vlny - Jiřího Menzela, Věru Chytilovou či Evalda Schorma. Na škole vyučoval až do svojich deväťdesiatich siedmich rokov.